Reperti ceramici insubri tardo celtici testimoniano una continuità di insediamento a partire almeno dal II secolo a.C. Tra II e I secolo a.C. iniziano a diffondersi nella zona sempre più numerosi reperti romani che testimoniano l'avvenuta romanizzazione dell'area. Nel 49 a.C. anche gli abitanti Angera (Ingera in dialetto varesotto), come tutte le popolazioni che abitavano il territorio a Nord del Po, divennero cittadini romani a pieno diritto. In seguito il borgo conobbe un forte sviluppo commerciale con lo sfruttamento dell'insenatura naturale di Angera come porto lacuale di scambio per le merci trasportate via acqua lungo Po, Ticino e Verbano, e i prodotti che vi giungevano via terra grazie alla Via Mediolanum-Verbannus: da qui si potevano raggiungere i passi alpini della Novena, del Lucomagno, del San Gottardo, dello Spluga e del San Bernardino. Angera era infatti, in epoca romana, un importante porto fluviale che metteva in collegamento la Gallia Cisalpina con la Rezia.
Dal villaggio iniziarono a partire dall'età romana i blocchi di pietra di Angera e il legname dei boschi dell'Alto Verbano, utilizzati sicuramente per la costruzione di importanti edifici milanesi e del territorio. Non vi è certezza sul nome del villaggio di età romana; l'identificazione con il villaggio Sebuinus citato su un basamento scultoreo ospitato nel lapidario della Rocca, è solo una ipotesi, anche perché non si conosce l'esatta provenienza di tale basamento nell'ambito delle estese proprietà borromaiche. Il nome più antico, testimoniato da fonti del X secolo, è quello di Statio, che sembra indicare il ruolo di porto e stazione commerciale svolto da Angera in epoca antica. Il nome muterà nel primo medio evo in Angleria, di non sicura etimologia, ma molto probabilmente derivante dalla contrazione di Ad Glaream ovvero "presso la ghiaia", presente abbondantemente nel terreno alluvionale dove sorgeva il nucleo principale.
Nel Medioevo Angera era a capo di una Pieve che comprendeva paesi delle due sponde del lago. Sul suo territorio, nel 1300, si contavano 20 edifici religiosi. La storia di Angera va però letta anche in chiave militare. Almeno dall'XI secolo al posto dell'attuale Rocca di Angera si trovava una struttura fortificata che poi divenne proprietà degli arcivescovi di Milano. Nel Duecento la struttura passò in mano alla famiglia Visconti, che la trasformò in una maestosa fortezza, in posizione dominante su tutto il paese. Nel 1449 fu acquistata dalla famiglia Borromeo, attuale proprietaria. Angera assunse titolo di Città nel 1497, per nomina di Ludovico il Moro.
La storia di Angera è narrata nel Civico Museo Archeologico, sito in via Marconi 2, nel centro del Borgo antico. Il museo è situato in una bella palazzina quattrocentesca con portico colonnato. La Rocca Borromea di Angera è uno dei principali punti di interesse di Angera. Si può visitare e ospita il Museo della Bambola, una collezione di oltre mille pezzi tra le più ricche d'Europa, completata di recente dall'acquisizione di preziosi automi francesi, tutti funzionanti. In un'altra ala del castello si trova il Museo dell'Abbigliamento infantile con capi raccolti tra l'Ottocento e la metà del Novecento. A livello del lago, la passeggiata "Allea" offre fantastici tramonti e un ampio spazio sul lungolago. Altro luogo di interesse è senz'altro l'Oasi della Bruschera e l'isolino Partegora, zona protetta ove si possono scorgere fauna e flora caratteristici del lago Maggiore.