Le origini di Bomarzo sono tuttora avvolte nel mistero. Probabilmente fondata da misteriose e sconosciuti popoli, come gli asiatici Meoni o i Rinaldoniani, fonti attestano che il territorio fu intensamente abitato prima dagli Etruschi e poi dai Romani, che lo conquistarono intorno al V secolo a. C. e ne ascrissero la popolazione alla Tribù Arniense. A testimonianza di quei tempi restano ancor oggi molte prove tangibili nell'area bomarzese: la Piramide Etrusca, le tagliata e le necropoli, i ruderi di un acquedotto romano, le fornaci dei Volumni.
Parte dell'Impero Romano fino alla sue caduta, Bomarzo venne in seguito retta dai suoi vescovi fino alla soppressione della diocesi avvenuta nell'XI secolo. Durante questo arco di tempo venne ripetutamente invasa: prima dalle armate del Re Totila durante la Guerra Gotica (535-553), in seguito dai Longobardi di Alboino tra il 569 ed il 590. L'ultima invasione si ebbe nel 739 per mano del Re Liutprando, che la sottrasse al Ducato Romano insieme con Ameria (Amelia), Orte e Blera. In seguito Bomarzo fu sempre parte integrante dello Stato Pontificio, ed in particolare della Delegazione di Viterbo, di cui fece parte sino al 1866.
Durante i secoli, tuttavia, la città passò diverse volte di mano: venduta da un certo Uffreduccio Risio alla città di Viterbo nel 1298, venne poi infeudata agli Orsini, che la tennero fino al 1646. In seguito a questa data, il Duca di Bomarzo Marzio Orsini (1618-1674) vendette il feudo ad Ippolito Lante Montefeltro della Rovere (1618-1688), la di cui famiglia lo possedette fino al 1837, quando il Duca Giulio (1789-1873) lo vendette ai Borghese. In seguito alla Terza Guerra d'Indipendenza, nel 1866 Bomarzo venne annessa al Regno d'Italia.
Meritano sicuramente una visita il famoso Parco dei Mostri, noto anche come Sacro Bosco, Palazzo Orsini e la Chiesa di Santa Maria Assunta in Cielo.
Il borgo si divide in cinque rioni che si contendono ogni anno, il 25 aprile, il Palio di Bomarzo: Dentro, Borgo, Poggio, Croci e Madonna del Piano. Di recente istituzione è il Torneo dei Rioni, competizione di calcio a cinque.
Nei pressi del borgo di Bomarzo si trova il piccolo borgo di Mugnano, piccolo abitato posto su uno sperone tufaceo caratterizzato dall'imponente mole della Torre degli Orsini.