Fortezza (Franzensfeste in tedesco) prende nome dalla fortezza edificata ai tempi dell'impero austriaco dall'imperatore Francesco I: il forte di Fortezza, costruito dal 1833 al 1838. Il nome originario di Fortezza pertanto è Franzensfeste che significa la "Fortezza di Francesco". Il comune assunse il nome attuale nel 1942, in precedenza si chiamò Mezzaselva all'Isarco/Mittewald am Eisack nel 1923 e poi solo Mezzaselva/Mittewald (dal 1923 al 1942), dal nome del centro abitato più antico del Comune, oggi frazione. Il nome della frazione è attestato sin dal 1223 come Mittenwalde e significa "in mezzo alla foresta", foresta che nel 1204 è attestata come Wibetwald.
Un piccolo insediamento era già presente nel 2500 a.C., come risulta dal ritrovamento di vasellame domestico. Il luogo ha sempre avuto un ruolo importante nel transito delle merci sulla direttrice nord-sud; prima come Via dell'Ambra tra la Grecia, la Sicilia e il nord Europa, poi nel periodo romano, tra Aquileia e le regioni d'oltralpe; lo dimostra un tratto della strada romana rinvenuta nei pressi del paese. Dove ora è situata la stazione, nel XVII secolo sorgevano un paio di masi, uno dei quali, nel tempo, si trasformò in locanda con il nome “Post-Reifer” ed è tuttora in esercizio.
L'importanza militare del luogo si rese evidente durante l'insurrezione tirolese nel 1809, quando il Generale Lefebvre, al comando di 2500 truppe sassoni, fu sconfitto in un'imboscata dai Tirolesi di Andreas Hofer nei pressi della cosiddetta Sachsenklemme (la “stretta dei Sassoni”). Francesco I Imperatore d'Austria, al momento di costruire un sistema difensivo, per timore di un'invasione da sud, scelse per la sua dislocazione geografica e strategica proprio la località dove la valle si restringe e sul costone roccioso che si protende dalla montagna venne costruito un primo sistema di fortificazioni. I lavori iniziarono il 17 giugno 1833 e il Forte Asburgico fu inaugurato da Ferdinando I d'Austria il 18 agosto 1838. Alla costruzione del Forte - a cui fu dato il nome di Francesco I, appunto Franzensfeste - e successivamente della ferrovia, contribuirono migliaia di operai che trovarono alloggio a Fortezza contribuendo allo sviluppo e alla crescita del paese.
Nel 1867, con l'apertura della ferrovia del Brennero, Fortezza consolidò il suo ruolo non solo sulla direttrice nord-sud, ma anche verso la Val Pusteria fino a Maribor, coinvolgendo nella costruzione della linea la parte meridionale della fortificazione. Con la firma del patto della Triplice alleanza (1882), da parte degli Imperi di Germania, Austria-Ungheria e del Regno d'Italia, il forte di Fortezza perse la sua importanza strategico-militare e fu trasformato in un deposito di munizioni, ruolo che mantenne anche quando passò all'Italia nel 1918. Nel 1939 iniziarono i lavori per la costruzione del bacino idroelettrico per la centrale di Bressanone, resasi necessaria per l'elettrificazione della linea ferroviaria; i lavori furono completati l'anno successivo e Prà di Sotto fu sommersa dall'invaso. Nel 1940 Fortezza fu elevata a Comune, divenne un importante snodo ferroviario e furono costruite sia le infrastrutture necessarie alla manutenzione delle locomotive sia gli alloggi per il personale.
Fino alla metà degli anni Novanta, Fortezza era un'importante dogana, specialmente per il suo scalo bestiame; ha perso molta del suo rilievo dopo l'apertura delle frontiere, in seguito all'entrata nella Comunità Europea dell'Austria. Lo stemma di Fortezza è costituito dalla lettera "ypsilon" bianca capovolta che simboleggia le strade per il villaggio.
Meritano sicuramente una visita il Forte di Fortezza, la chiesa di Mezzaselva e i monumenti delle battaglie che ricordano la battaglia di indipendenza Tirolese.