Nel periodo romano le paludi del fiume Tartaro, che occupavano la parte meridionale del territorio, erano molto estese così da procurarne l'"isolamento" dai villaggi e contrade circostanti. Di qui il nome di Insula Cenensis. I primi insediamenti risalgono all'età del Bronzo, che si sono ampliati durante la dominazione romana e con la costruzione della via Claudia Augusta. Nel periodo medievale si registra l'insediamento di monasteri benedettini, che lavorarono alla bonifica del territorio agricolo. In epoca comunale il territorio appartenne quasi interamente ai conti Bonifacio di Verona e fu chiamato "Isola dei Conti".
Nel XIII secolo il paese venne assoggettato dagli Scaligeri, i quali rafforzarono le difese sul fiume Tartaro. Con gli Scaligeri il territorio assunse il nome definitivo di Isola della Scala (Ìsola de la Scala in veneto). Con la conquista della Serenissima Repubblica di Venezia ci fu l'insediamento di molte famiglie veneziane, che provvidero alla costruzione di opere di idraulica e d'arte. Lo stesso nome fu mutato in "Isola di San Marco", ma non ebbe molta sorte nell'uso perché gli abitanti della cittadina rimasero sempre legati all'antico nome sin da ripristinarlo al tramonto della dominazione. In quel periodo tuttavia le paludi furono bonificate e dal XVII secolo fu introdotta la coltivazione del riso. Durante il periodo napoleonico, Isola della Scala perse la sua autonomia, a favore del distretto di Villafranca, ma tornò ad un ruolo di primo piano con la dominazione Austriaca.
Meritano sicuramente una visita l'Abbazia di Santo Stefano, Santuario della Bastia, Chiesa della Formica e la Torre Scaligera, simbolo del borgo. Fa parte dell'area di produzione del Riso Nano Vialone Veronese che viene coltivato su terreni della pianura veronese irrigati con acqua di risorgiva. Presenti anche allevamenti bovini, suini e avicoli.
Specialità locale è il risotto all'isolana, uno dei piatti più conosciuti nel panorama gastronomico veronese.
