Lazise deriva dal latino lacus che significa "villaggio lacustre", come sembrano confermare documenti dell'Alto Medioevo che riportano il paese sotto il nome di Laceses. Il ritrovamento di testimonianze di aggregati di abitazioni su palafitte dell'età del bronzo dimostrano la rilevanza che ebbe Lazise come centro preistorico. In epoca romana il lago divenne un'importante via di comunicazione per le merci che arrivavano dalla Germania; amministrativamente a Lazise si presentavano le condizioni tipiche dei vicus e dei pagus. Del paese, sotto la dominazione degli Eruli, quindi degli Ostrogoti, e infine dei Longobardi, si hanno solo notizie frammentarie e piuttosto generiche, se non quasi assenti, e una delle poche testimonianze trovate sembra sostenere la tesi che in quel periodo Lazise fosse soggetta al conte di Verona.
Nel 983 la comunità di Lazise chiese all'Imperatore del Sacro Romano Impero Ottone II la possibilità di difendere il borgo fortificando il castrum e il 7 maggio dello stesso anno Ottone II rispose con un diploma nel quale concedeva l'esazione da alcuni tributi (tra cui il teloneo e il ripatico), concedeva i diritti di transito e di pesca, e rilasciava ai lacisiensi la possibilità di fortificare il castrum. A partire da quell'anno Lazise venne quindi organizzata a Vicinia, con 18 membri e ampie autonomie in questioni civili, economiche, ma anche religiose (a partire da quest'anno divenne sede di pievano), in modo da poter disciplinare liberamente pesca e commercio. Si trattava di una situazione piuttosto particolare rispetto a quella degli altri centri, e la concessione di queste ampie autonomie, oltre ovviamente all'assegnazione di incarichi, fa sì che Lazise venga considerata il primo libero Comune d'Italia.
Sotto gli Scaligeri vennero realizzati il castello e le mura cittadine, e nel 1387, quando la Signoria Scaligera stava per cadere per mano degli eserciti dell'alleanza formata da Gian Galeazzo Visconti, Francesco I Gonzaga e Francesco I da Carrara, il borgo fortificato, che rimase fedele a Verona, chiuse le porte e si preparò all'assedio, il quale durò alcuni giorni. Lazise cedette alle armi da fuoco nemiche il 13 ottobre 1387, quindi passò sotto il dominio Visconteo, sotto il quale fu sede del vicariato di una giurisdizione piuttosto ampia, anche se poco tempo dopo passò sotto il dominio Carrarese. Nel 1405 vi fu la dedizione di Verona a Venezia ma Lazise fu l'unico borgo in territorio veronese deciso a ribellarsi, tanto che venne messa sotto assedio e si arrese all'esercito della Serenissima il 23 giugno dello stesso anno.
Nel 1439 il paese venne bersagliato dalle truppe di Filippo Maria Visconti, il quale si trovava in guerra con la Repubblica Veneta, ma dopo questa breve parentesi di guerra prosperò la pace, almeno fino agli eventi della guerra della Lega di Cambrai, durante la quale una galea veneziana si autoaffondò per non finire in mano nemica davanti Lazise, che passò in mano a Giovanni Gonzaga il 23 agosto 1510. Pure il Gonzaga confermò a Lazise gli antichi privilegi, ma il borgo tornò sotto Venezia già nel 1516. Questo fu un periodo continuo di lotte che si arrestarono per questa comunità solo dopo il saccheggio di Lazise da parte dei Lanzichenecchi nel 1529: dopo vi fu però un periodo di prosperità che si protrasse per quasi due secoli, intervallato però dalla peste del 1631 che decimò la popolazione, praticamente dimezzandola.
La rivoluzione francese portò delle conseguenze anche a Lazise, a causa sì del passaggio dei soldati francesi che dovevano dirigersi in Tirolo, ma soprattutto perché nel paese venne posto il quartier generale francese, così che i militi francesi ne approfittarono per saccheggiare l'abitato. Il 16 maggio 1797, inoltre, venne eretto l'albero della libertà tra l'indifferenza dei paesani. Lazise passò quindi alla Repubblica Cisalpina e poi alla Regno d'Italia, sotto il quale divenne capoluogo del quinto distretto di Verona, ma nel 1815 Lazise cambiò nuovamente bandiera passando sotto il Regno Lombardo-Veneto e quindi, di fatto, sotto l'Impero austriaco.
Durante la prima guerra di indipendenza italiana le truppe piemontesi entrarono a Lazise, dove accumularono la polvere da sparo proveniente da una polveriera conquistata nelle vicinanze di Peschiera del Garda (importante fortezza del Quadrilatero), e da dove poi si spostarono verso Castelnuovo, dove si svolse l'omonima battaglia. Presso la Pergolana inoltre vi fu lo stanziamento di truppe. Durante la seconda guerra di indipendenza a Lazise vennero trasportati via lago i feriti della battaglia di San Martino, che vennero soccorsi nella zona del porto, ma fu solamente nel 1866, a seguito della terza guerra di indipendenza che Lazise entrò a far parte del Regno d'Italia.
Meritano sicuramente una visita la Dogana Veneta e il porto vecchio, la chiesa di San Nicolò e il Castello Scaligero.
Nei secoli ospiti famosi visitarono il lago, tra cui Catullo, Goethe e Gustav Klimt, ma il fenomeno turistico di massa a Lazise iniziò nel dopoguerra, quando gli abitanti d'oltralpe, soprattutto tedeschi, iniziarono a scendere verso sud, in cerca di una meta geograficamente vicina ed economica. Furono proprio la vicinanza geografica e il potere del marco tedesco sulla lira alcune tra le cause che garantirono il successo economico della cittadina. Gli abitanti di Lazise, fino a quel momento dediti alla pesca e all'agricoltura, iniziarono ad investire sul turismo, costruendo strutture ricettive, quali alberghi e campeggi.
Lazise è il borgo con il maggior afflusso turistico della riviera gardesana.