La villa è la più antica e più grande dimora patrizia sulla riva destra del Naviglio, al quale un tempo si collegava tramite un viale alberato di 800 metri che da piazza del Teatro, attraverso un grande parco, proseguiva oltre il corso d’acqua fino alla grande esedra di Villa Gambotto Negri. Villa Clari è costituita da quattro corpi che si aprono a un cortile centrale. Per questo si pensa che l’edificio sia sorto sulle basi dell’antico fortilizio militare di Lugagnano. Confiscata dalla Camera Regia, nel 1691 passò ai Clari otto anni dopo e tale rimase fino al 1819. Passò ai Cravanna, ai Malvezzi e nel Novecento fu a lungo abbandonata. L’edificio che dà sulla strada alla sinistra aveva un’Oratorio con affreschi e lapidi marmoree ora diventato abitazione. Nell’edificio centrale, al primo piano si apre l’appartamento padronale della villa che aveva un salone delle feste, lungo 80 metri e i soffitti alti 5 metri e e mezzo, interamente affrescato, in gran parte ancora conservato. Sul retro della villa si apre un enorme giardino anch’esso recuperato durante i restauri.
