Subito fuori delle antiche mura del borgo si trova la più grande chiesa rinascimentale del comprensorio del Trasimeno, edificata nel 1500 e dedicata a Maria Santissima dei Miracoli. Dopo un avvenimento miracoloso a cui nel secolo successivo ne è seguito un secondo. L’autore del Santuario è ignoto.
Oggi si propende ad attribuirlo a un artista forse influenzato dal senese Francesco di Giorgio Martini, che in quel periodo stava portando a termine il monumentale tempio di Santa Maria delle Grazie al Calcinaio, presso Cortona, edificio che si ricollega per lo stile a quello presso Castel Rigone.
Qui sono avvenuti due eventi miracolosi. La faccaita principale guarda il paese ed è divisa da un cornicione molto sporgente. Il rosone e la porta principale, come tutte le decorazioni, sono in pietra serena e sono state scolpite da abili scalpellini lombardi tra cui Domenico Bertini, un allievo di Michelangelo.
La chiesa, la cui base è a croce latina contiene al suo interno sei altari nella navata unica e due cappelle nei transetti., tutti arricchiti da fregi in pietra serena, dipinti, statue e i cui pregi e le cui storie sono raccontate piacevolmente nelle varie tappe a loro dedicate nell’itinerario.
Nel dipinto della Madonna del Rosario si può vedere l’aspetto del paese nel 1500 con il campanile originario del Santuario, crollato improvvisamente nel 1910.
Per l’affresco datato 1519 e raffigurante l’incoronazione di Maria Assunta in cielo si collega al nome di Giovan Battista Caporali e della sua bottega.
Bellissimo è il racconto del dipinto della Vergine che allatta il Figlio Divino e del tempio innalzato in modo da inserirvi nel transetto sinistro il muro originale che lo conteneva.