Sono molte e differenti le teorie sull’origine della chiesa; le strutture più antiche oggi visibili presentano i caratteri stilistici del XIV secolo.
Oltre alle tre absidi della chiesa e al campanile, caratterizzati da un’accurata muratura a testa e croce e dalle alte fasce decorative, sono assegnabili a questa prima fase anche la sacrestia, che ospita il Museo Parrocchiale, e l’attiguo piccolo chiostro con le lesene cilindriche.
Risalgono al 1591 le decorazioni, eseguite per conto del duca Vincenzo I Gonzaga, nella zona all’abside centrale: sono lavori di stucco che rivestono con ricchezza sovrabbondante la volta ad ombrello del catino e parte delle pareti. Tale ricchezza d’ornati intendeva riqualificare esteticamente la parte retrostante l’altare che, fin dalla fondazione, i marchesi di Monferrato avevano riservato alle proprie sepolture.
Verso la metà del secolo XVII buona parte della chiesa crollò e ne fu decisa subito la ricostruzione secondo il progetto di Vincenzo Rovere, frate nello stesso monastero. La chiesa conventuale di san Francesco, annessa dall’origine all’attiguo convento francescano (frati minori conventuali), a partire dal 1783 ospitò le funzioni parrocchiali, per divenire chiesa parrocchiale a tutti gli effetti nel 1802, quando furono soppressi i conventi e le comunità religiose.
L’attuale facciata fu realizzata solo nel 1932 e dedicata ai caduti della Prima Guerra Mondiale.
L’organo della chiesa è a conduzione elettrica ed è stato realizzato nel 1942 dalla ditta Vincenzo Mascioni di Cuvio (Varese) utilizzando canne dello strumento precedente, fabbricato nel 1832 dai famosi organari Serassi di Bergamo e modificato nel 1881 dal Mentasti di Varese.
In fondo alla navata centrale, dietro l’altare maggiore e sopra il coro, gli affreschi sono opera del pittore Mario Micheletti e rappresentano la “Creazione: dal peccato originale alla salvezza” (1943).
Dello stesso autore è l’affresco della cupola centrale, che illustra il Cantico delle Creature, e i quadri della Via Crucis posti nel corridoio del museo della sacrestia.
La Parrocchiale di San Francesco risulta essere la vera e propria pinacoteca del pittore Guglielmo Caccia detto ‘Il Moncalvo’ (1568 – 1625), il maggior esponente dell’arte della controriforma in Piemonte, e della figlia Orsola Maddalena Caccia (1596 – 1676). Tra i capolavori che è possibile ammirare spiccano “L’allegoria francescana”, “Il martirio di Sant’Orsola”, “La natività di San Giovanni
Battista”, “L’adorazione dei Magi”, “Sant’Antonio di Padova risuscita un morto”, “Il martiro di san Maurizio”. Nella cappella di Sant’Antonio, posta al termine della navata sinistra della Chiesa, si trova inoltre la tomba di Guglielmo Caccia.
Particolarmente suggestivi risultano altresì essere i dipinti “San Luca nello Studio” , il “Gesù nel deserto servito dagli angeli” e la “Madonna con il bambino, san Francesco, san Carlo Borromeo e sant’Elena” ospitati nell’adiacente Museo Parrocchiale, allestito nella sacrestia trecentesca, dov’è altresì possibile ammirare la quattrocentesca pala d’altare “Madonna in trono col Bambino e i Santi Martino e Rocco” attribuita a Bartolomeo Bonone e già situata presso la cappella del castello di Moncalvo. Sempre all’interno del Museo parrocchiale sono custoditi paramenti, arredi, oggetti liturgici: in particolare si distingue una pace-reliquiario; è una suppellettile liturgica di origine medievale, consistente in una tavoletta o in un medaglione con un’immagine sacra, che talvolta veniva porto al bacio di determinate persone, sia ecclesiastiche sia laiche, nel corso della messa
solenne, prima della comunione: sostituiva l’abbraccio o il bacio di pace fra le persone stesse. Gli studiosi ritengono che questo manufatto possa risalire alla prima metà del Quattrocento e, date la qualità e l’eleganza dello stesso, propongono che vada ricondotto alla cerchia di Michelino da Besozzo, pittore e miniatore vissuto tra il 1370 circa e il 1455 circa, fra i principali esponenti del
Gotico Internazionale, attivo soprattutto in Lombardia, anche nel cantiere del Duomo di Milano.
