La prima chiesa dedicata a San Sebastiano fu costruita, probabilmente, sul finire del XV sec sullo stesso sito dove già esisteva la chiesa di s. Rocco, edificata a partire dal 1414. risultata troppo piccola, per via della crescente urbanizzazione del quartiere, fu ricostruita più grande e sempre sulla stessa area senza trascurare l’altare di San Rocco. Nel 1609, questa seconda chiesa, sempre ad una sola navata, era già in fabbrica e fu terminata nel 1655.
Fu poi distrutta dal disastroso terremoto del 1693 assieme alla maggior parte delle chiese del paese. Sul finire dello stesso secolo si diede inizio alla costruzione di una terza chiesa (l’odierna), sempre dedicata al santo bimartire e sempre, più o meno, sullo stesso sito, ma, questa volta, con impianto basilicale. Le fasi della costruzione furono complesse e laboriose. Fu l’architetto siracusano Mario Diamante l’ideatore della monumentale facciata (che subì non poche modifiche da parte dei procuratori della chiesa), nonché l’esecutore iniziale coadiuvato dai maestri Milito, Buscema e altri. I lavori furono terminati intorno al 1782.
Il prospetto della chiesa di S. Sebastiano alto ben 35 m è costituito da pietra da taglio iblea. La sua monumentalità fa da incomparabile sfondo alla grande piazza su cui si affaccia: piazza del Popolo, e dà il corretto allineamento agli edifici di sinistra di corso Vittorio Emanuele III “salotto” della città.
Si snoda su 3 ordini sovrapposti e impreziositi da membrature strutturali e compositive di gusto tardorinascimentale. Il primo ordine è caratterizzato da un bel portale con ai lati quattro colonne binate di tipo corinzio arabescate nella parte interiore e con alla base due leoni di pietra bianca, scolpiti dallo stesso Diamante. In alto, dentro una nicchia allocata sulla base del timpano, spicca il simulacro del glorioso bimartire. Ai lati del portale le due porte piccole con colonne e relativo frontone sovrastato da un occhialone. Il secondo ordine è caratterizzato, al centro, da altre 4 colonne binate, con frontone della stessa tipologia del primo ordine; tra queste è collocato il quadrante di un grande orologio elettrico che è andato a rimpiazzare l’orologio meccanico montato per la prima volta nel 1885. Due grandi volute chiudono i lati del secondo ordine. Il terzo ordine, che riporta lo stesso frontone con colonne binate, comprende la loggia campanaria, sovrastata nella parte sommitale da due campane; infine “u palieddu” segnavento a forma di bandiera. La scalinata, molto scenografica, fu costruita nel 1877. L’anno prima era stata costruita la via San Sebastiano, asse di collegamento tra piazza del Popolo e piazza Liberazione-Pretura.
L’interno, a pianta longitudinale (m. 36 x 19,50), è a tre navate e le due cappelle chiudono quelle laterali.
