Citerna era conosciuta in epoca romana come Civitas Sobariae. Esistente già in epoca romana, Citerna fu abitata dagli Etruschi: la sua collocazione ne denota la caratteristica di fortilizio con funzioni di avvistamento dei flussi militari provenienti dalle terre circostanti, Romagna, Marche e Toscana, di cui l’Alta Valle del Tevere costituisce la confluenza naturale. Il piccolo borgo rappresenta una vera e propria terrazza sulla Valle: il bastione occidentale e il Torrione rotondo, divenuto simbolo del paese, completano il lato occidentale della cinta muraria.
L’origine del nome sembra provenga da cisterna, in realtà confuso nella trascrizione di atti notarili antichi da Citerea, monte sacro a Venere, dea pagana dell’amore e della bellezza. Per questo lo stemma della cittadina diverrà un pozzo o "cisterna", ma sormontato dalla stella del mattino, guarda caso proprio "Venere".
Subì ripetuti saccheggi durante le invasioni barbariche. In età medievale appartenne ai Malatesta per essere successivamente incorporata nello Stato della Chiesa (XV secolo). Agli inizi del XVI secolo il Papa concesse in vicariato Citerna ai Vitelli che la governeranno fino alla fine del Seicento.
Il 23-26 luglio 1849 diede asilo a Garibaldi ed alla sua colonna di circa 2.000 volontari, rimasti dai circa 4.000 usciti da Roma al termine dell'assedio ed in marcia verso l'Adriatico.
Nel corso della seconda guerra mondiale, subì gravi ed irreparabili danni ad opera dell'esercito tedesco: la già celebre rocca venne quasi completamente rasa al suolo.