La prepositura dei Santi Jacopo e Filippo si trova in Piazza de' Vicari, davanti al Palazzo Pretorio, nel borgo di Scarperia. L'attuale edificio divenne sede della parrocchia dei Santi Jacopo e Filippo solamente nel 1808, quando il convento agostiniano di San Barnaba, cui la chiesa era annessa dall'inizio del XIV secolo, fu soppresso in seguito alle ordinanze napoleoniche. L'edificio ha subito numerosi interventi fino a quello radicale del 1870-1871, che interessò sia l'esterno che l'interno. Il campanile fu ultimato nel 1935.
A navata unica, con altari laterali, è chiusa in fondo da un coro absidato in cui si aprono cappelle. All'interno si conservano alcune opere notevoli, tra cui il San Tommaso di Villanova, elemosiniere dell'ordine domenicano, dipinto attribuito a Mirabello Cavalori, due tele di Matteo Rosselli, il bassorilievo marmoreo con Madonna col Bambino, opera di Benedetto da Maiano e il Crocifisso in legno che alcuni attribuiscono ad Andrea Sansovino.