Il museo si articola su quattro dei cinque piani del mastio della rocca roveresca mentre il piano superiore (il quinto) ospita un'armeria con pezzi di artiglieria, armature e armi bianche, tra i quali alcune rarità. Il museo ripropone scene di vita rinascimentale ricostruite con dovizia di cura attraverso manichini in gesso abbigliati con costumi dell'epoca. Le scene più importanti sono: il banchetto, la sala della tortura, il forno, la stalla con i cavalli.
Al quarto piano c'è la magnifica sala da pranzo che con statue di cera rappresenta il banchetto in onore del matrimonio tra Giovanni della Rovere proprietario della Rocca di Mondavio e Giovanna figlia del signore del palazzo di Urbino. In questa rappresentazione è da notare il modo in cui sono vestiti i partecipanti: i commensali appartenenti alla stessa casata sono vestiti con abiti dello stesso colore.
Nel 1400 le donne tenevano i capelli raccolti per seguire la moda dell'epoca, portavano abiti lunghi e sontuosi: più la donna era nobile più era larga e decorata la sua gonna. Gli uomini indossavano pantaloni attillati, giacche di velluto e camicie che mostravano pizzi prominenti nel colletto e nelle maniche. Per distinguere i nobili dalla gente comune esisteva un semplice particolare: i ricchi indossavano pantaloni a tinta unita mentre i poveri vestivano con pantaloni di due colori. Al quinto ed ultimo piano c'è l'armeria e la postazione di difesa.
Per la difesa l'architetto Francesco di Giorgio Martini aveva costruito all'interno del quinto piano una distesa di merli che circondavano il piano. Nel caso in cui i nemici fossero giunti sino al quarto piano i soldati utilizzavano un trabocchetto: con un buco nel pavimento che collegava il quinto piano con le scale di quello inferiore scagliavano frecce ai nemici. Un altro metodo per scacciare i nemici era quello di gettare dal buco pece bollente. In questo piano troviamo anche l'armeria che è composta totalmente da armi e armature del 1400.