Fondata da San Colombano nel 614 con il favore dei re longobardi Agilulfo e Teodolinda, ospitò il celebre scriptorium. Il loggiato è opera cinquecentesca; nel cortile interno, il portico è l'unica parte sopravvissuta del chiostro del XIV sec. Bobbio fu, nei secoli X e XI, il maggior centro culturale dell'Italia settentrionale. Aperti al pubblico il corridoio a piano terra, il chiostro principale e quello di servizio. Il monastero fu soppresso nel 1803 e attualmente ospita il Museo dell'Abbazia e il Museo della Città.
Il Museo dell’Abbazia, recentemente ampliato e restaurato, che raccoglie notevoli opere e oggetti d’arte di epoca romana, medievale e rinascimentale. Custodisce interessanti reperti che vanno dai primi secoli dell’era cristiana fino alla metà del XVI secolo. Di epoca romana sono il sepolcro della famiglia Coccia, quattro anfore cinerarie, un’Ara di Diana e la famosa Idrta in alabastro attribuibile al III sec. Altri importanti pezzi sono le numerose pietre longobarde ad intreccio vimineo, la lapide di Cumiano dell’VIII sec. , Ampolle votive in stagno del VI sec., la Teca di Orfeo e il Busto argenteo di San Colombano. Nella pinacoteca, collocata nell’ultima sala, un bellissimo polittico del Luini, raffigurantel’Assunzione di Maria tra lo stupore degli Apostoli e la gioia degli angeli. Dall’ala sud del chiostro, l’unica che conserva il porticato originario, si accede al Museo della Città, che offre percorsi didattici multimediali. Esso è ospitato nei locali originali del IX° secolo: il refettorio con il grande affresco della Crocefissione, le cucine, il cavedio interno e le grandi cantine con volte a botte. Nelle varie sezioni attraverso un allestimento costituito da espositori trasparenti e supporti informatici sono affrontate le tematiche legatealla vita e all’opera di San Colombano, la situazione geopolitica dell’Italia Longobarda e all’attività del famoso Scriptorium.
La Basilica di San Colombano fu costruita a partire dalla metà del XIV sec. sulla precedente chiesa del IX sec. di cui rimane la torre campanaria. Notevole è la cripta con il mosaico del XII sec., il quattrocentesco sarcofago di San Colombano, la cancellata in ferro battuto del IX-XI sec. e le lapidi sepolcrali di Sant'Attala e San Bertulfo del IX sec.